居住在人体肠道内的各种微生物总称为肠道菌群，包括细菌、真菌等。它们与宿主共同构成了一个复杂的生态系统，对宿主的消化、免疫、代谢等方面起着重要的作用。肠道菌群失调会导致某些菌群数量过多或过少，引起腹泻、便秘、腹胀、腹痛等消化系统症状，以及免疫力下降、肥胖、糖尿病等全身症状，从而引发一系列健康问题。导致肠道菌群失调的原因有多方面，包括饮食习惯、生活规律、药物使用、疾病发生等。

研究表明，肠道菌群不仅与肠内疾病有关，也与多种肠外疾病相关。肠内疾病如炎症性肠病(IBDs)、乳糜泻、肠易激综合征(IBS)、结肠直肠癌(CRC)等均已经证明有肠道菌群参与。肠外疾病如慢性肝病、二型糖尿病、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、肥胖、帕金森、自闭症、抑郁等多种疾病，均证实与肠道菌群及其代谢产物相关。因此，围绕肠道菌群，形成了以肠为中心的肠-X轴学说。