病理诊断平台于1955年建立，目前是博、硕士学位授权点学科、国家卫健委第二批病理远程会诊中心、国家级住院医师规范化培训基地、中国人民解放军病理学专委会常务委员单位、陆军站创伤救治专科联盟成员单位、中国医师协会病理科医师分会常务委员单位、中国研究型医院协会超微与分子病理学专业委员会常务委员单位、重庆市医师协会病理科分会会长单位、重庆市妇幼卫生学会病理学专委会副主任委员单位等。病理科主要承担全院病理诊断工作、来自全国各地的疑难病理会诊工作以及陆军军医大学的教研工作。该平台配有人工智能病理辅助诊断、亚细胞诊断、分子病理诊断等平台设备；有较大规模、高质量的专业人才队伍，病理医师16人，高级职称5人。年组织病理诊断工作量超50000例，细胞学诊断超40000例，术中冰冻切片病理诊断超7000例。平台专科特色鲜明，根据临床科室需求，已开展内分泌系统病理、泌尿男性生殖系统病理、淋巴造血系统病理、呼吸系统病理、女性生殖系统病理、神经系统病理、消化道系统病理、骨与软组织病理、乳腺病理、皮肤病理、心脏纵隔与胸膜病理、口腔病理共12个病理亚专科。目前病理诊断平台在骨肉瘤、软组织肿瘤、肺癌、淋巴瘤、胃癌、肠癌的诊断和研究方面极具特色。