中国人民解放军陆军军医大学第二附属医院呼吸内科成立于1950年，1978年独立建设呼吸科并开始组建全军呼吸专科中心，同年被批准为呼吸内科硕士学位授权点；1984年被批准为全军呼吸内科专科中心；1986年被批准为博士学位授权点；1995年被评为四川省重点学科，并晋升为全军呼吸内科研究所；1996年开始启动博士后进站（临床医学博士后流动站）研究，同年，实验室被评为四川省呼吸疾病基础研究实验室和全军呼吸内科重点实验室；1999年被评为重庆市重点学科和重庆市医学领先学科，并被批准为重庆市人类疾病基因研究所和重庆市重点实验室；2001年被批准为国家重点学科，2007年通过国家重点学科复审；2007年挂牌建立第三军医大学新桥呼吸病专科医院，同年，创办了《中华肺部疾病杂志》，2012年进入中国科技论文统计源期刊；2012年学科实验室被批准为重庆市呼吸疾病重点实验室； 2015年被批准为国家临床重点专科军队建设项目；2016年批准为重庆市临床医学研究中心；2018年批准为国家PCCM科规范化建设项目示范基地、全国过敏性哮喘规范诊疗中心；2019年批准为呼吸疾病重庆市高校高水平科研创新平台、呼吸病学重庆市研究生导师团队；2020年批准为重庆市临床重点专科精品项目。2022年批准为首批全军临床重点专科，2023年牵头组建重庆市重大呼吸疾病精准防控重点实验室，在呼吸危重症（ARDS、脓毒血症、呼吸衰竭）、慢性气道疾病（COPD、哮喘）、肺癌、肺部感染等呼吸系统疑难、危重症等疾病救治领域长期处于国内领先水平。学科现有医生45人，教授、副教授12名，博导8名，硕导9名；学科现有享受国务院政府特殊津贴专家1名、国家优青1名、国家自然科学基金二审专家1名、西部人才1名、重庆市学术技术带头人1名、重庆英才4名、军队科技新星1名、陆军科技英才1名。