始建于1950年，西南地区眼科创始人蒋医民为首任主任，经过历代眼科工作者不懈努力，眼科已走在西南地区前列。目前，眼科是国家级眼科住院医师规范化培训基地、博士学位授权点学科单位、中华医学会激光学分会常务委员及眼科学分学眼底病学组委员单位、中国医师协会眼科医师分会委员单位、中国女医师协会眼科专委会常务委员单位、全军眼科学专委会委员单位、重庆市中西医结合学会眼科专委会主任委员单位、重庆市医学会眼科学专委会副主任委员单位。

眼科现有眼底病、眼外伤、屈光不正、白内障、青光眼、小儿眼科、角膜病、神经眼科、泪道疾病、眼眶病等亚专业。学科临床特色包括视网膜疾病诊治，如复杂视网膜脱离、严重糖尿病视网膜病变等疑难玻璃体视网膜疾病，视网膜动脉阻塞的治疗，高度近视黄斑病变、黄斑裂孔、黄斑前膜，早产儿视网膜病变等视网膜疾病；严重眼外伤的治疗；全飞秒激光、准分子激光、ICL植入等屈光不正的诊治；复杂白内障及难治性青光眼、微创白内障青光眼手术；微创斜视手术、弱视的个性化治疗；复杂疑难角膜病的诊治；泪道疾病及干眼病的诊治。

眼科医、技、护人员坚持“以病人为中心”，用“关怀、服务”的人性化理念为病人的光明与健康服务。