陆军军医大学第二附属医院消化内科集教学、医疗、科研和军事卫勤保障于一体的临床主干学科，目前是国家重点培育学科、全军临床重点专科、国家消化系统疾病临床医学研究中心重庆分中心、重庆市消化内科学临床医学研究中心、博士和硕士学位授权点学科、博士后流动站学科、五项高显示度项目首席科学家学科、中华医学会消化内镜专科医师培训中心重庆培训基地、中国医师协会ESD医师培训中心、中国医师协会麻醉学医师分会无痛内镜培训中心以及国家和军队药物临床试验基地，中华医学会消化病学分会常委单位、重庆市医师协会消化内镜医师会长单位，连续九年复旦排行榜最佳专科提名学科。

科室主要由门诊、病房、监护室、内镜中心、介入中心和实验室六部分组成，现有医护人员130名，其中医疗40名，现役军人6名，专职科研人员20余名，教授有8名、副教授16名，博导5名，硕导8名，在读博、硕士研究生40余名。科室编制床位122张（其中11张加护病床，含2张负压病床），每年门诊量18万人次、收治病人8000余人次、消化内镜诊疗6万人次、内镜下手术7000余例次、血管介入500余例次。主要临床特色为消化系疾病临床诊治、消化内镜诊疗、消化系疾病的放射介入以及消化系急危重症的综合救治等。在世界上最早开展消化道粘膜下占位的全层切除术和食道黏膜自体移植防治食道ESD术后狭窄，在国内最早或同期开展了系列内镜下治疗的高难度手术，包括经隧道黏膜下占位切除术、贲门失弛缓症的POEM治疗、胰腺脓肿的内镜下清创术、双镜联合治疗早期胃癌及P-J综合征、超声内镜、ERCP以及NOTES技术等；在血管介入治疗方面，先后开展了肝癌、TIPS、Budd-Chiari综合征、不明原因消化道出血、中晚期消化道肿瘤的介入治疗等；在消化系急危重症方面，先后开展了重症急性胰腺炎、消化道大出血、肝功能衰竭等消化重症的综合救治。

科室以消化道肿瘤的基础与临床、重症急性胰腺炎的临床救治、消化系疾病的内镜下微创治疗、血管介入诊疗、胶囊内镜的研发及临床应用、生物仿生材料在内镜创面中应用、肠道微生态与消化系疾病为主要研究方向。十三五以来，获得国家卫健委重点行业专项1项、国家重点研发计划项目2项、卫生行业专项1项、国自然重点项目及国际合作项目各1项、国自然面青项目共60余项，重庆市项目30余项，校级项目20余项，总经费达8000余万元；发表包括Gut、Lancet Gastroenterol Hepatol、JAMA Network Open、Microbiome、Nature Communications、Bioactive Materials、ACS Nano、Advanced Science、Cancer Research、Oncogene等相关SCI论文100余篇，其中20分以上的10篇，10-20分的32篇，最高影响因子45.042；获得国家及省部级各类人才表彰10余人次，包括国家百千万人才工程、陆军科技英才、重庆英才、重庆市杰青、巴渝青年学者等；主编专著4部，参编专著多部，获得发明专利6项，软件著作权5项、实用新型专利20余项；十三五以来共培养博硕士40余名，其中2名博士获全军优秀博士学位论文、2名博士获重庆市优秀博士论文，3名硕士获重庆市优秀硕士论文，2名博士获校级优秀博士论文；获批校级临床新技术一级乙等2项及二级甲等、乙等各1项。